Nhà Ai Cập học người Đức Ludwig Borchardt là người đầu tiên khám phá ra kim tự tháp của Khentkaus II. Ban đầu, Borchardt nghĩ rằng, đây chỉ là một ngôi mộ mastaba đôi thông thường và không thực sự nghiên cứu sâu về nó. Chỉ khi được khai quật một lần nữa vào khoảng năm 1975 - 1980 bởi nhóm khảo cổ đến từ Cộng hòa Séc, dẫn đầu là Miroslav Verner, nó mới được xác định là một phức hợp kim tự tháp nhưng với quy mô nhỏ[1][2].

Qua quá trình nghiên cứu, Verner đã tìm ra được tên chủ nhân của kim tự tháp, là một hoàng hậu tên là Khentkaus. Vì ngôi mộ kim tự tháp này được xây tại Abusir - nghĩa trang của tầng lớp hoàng gia và quý tộc thuộc Vương triều thứ 5, nên không ai khác có cái tên Khentkaus ngoài vợ của Neferirkare Kakai, Khentkaus II (một bà hoàng hậu khác ở Vương triều thứ 4 cũng tên là Khentkaus I, là vợ của Shepseskaf)[2].